Universitas Annuqayah Guluk-Guluk Sumenep adalah perguruan tinggi di bawah naungan Yayasan Annuqayah yang pada tahun 2018 bernama Institut sains dan Teknologi Annuqayah (IST Annuqayah) dan pada tahun 2023 Akhir beralih Status Menjadi Universitas Annuqayah. Selain Universitas Annuqayah, Yayasan Annuqayah juga menaungi Institut Ilmu Keislaman Annuqayah (Instika) yang berdiri pada tahun 1984. Yayasan Annuqayah merupakan badan hukum yang dimiliki oleh Pondok Pesantren Annuqayah yang berfungsi sebagai badan penyelenggara pendidikan formal. Pondok Pesantren Annuqayah itu sendiri adalah pesantren yang berdiri pada tahun 1887 dan memiliki sejarah yang panjang dalam mengelola pendidikan baik formal maupun nonformal.

Sejak masa awal perkembangannya hingga saat ini, Pondok Pesantren Annuqayah telah melakukan terobosan pendidikan yang menegaskan landasan epistemologi keilmuan yang terbuka. Visi keilmuan Annuqayah yang juga diilhami oleh salah satu kitab karya Jalaluddin Assuyuthi yang berjudul Itmam al-Dirayah li-Qurra’ al-Nuqayah yang di dalamnya tidak membedakan antara ilmu keagamaan murni dan keilmuan lainnya ini mendorong munculnya upaya pengembangan dan pembaruan pendidikan di berbagai aspek, termasuk kelembagaan.

Maka, melalui Surat Keputusan Menteri Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi Republik Indonesia Nomor: 479/KPT/I/2018, pada tanggal 6 Juni 2018 berdirilah Institut Sains dan Teknologi Annuqayah yang kemudian disingkat IST Annuqayah, yang berkedudukan di Kecamatan Guluk-Guluk, Kabupaten Sumenep, Provinsi Jawa Timur, dan Pada Akhir tahun 2023 Beralih Status menjadi Universitas Annuqayah berdasarkan surat keputusan Kementerian Pendidikan, Kebudayaan, Riset dan Teknologi (Kemdikbudristek) Rebublik Indonesia dengan Nomor : 979/E/0/2023 tertanggal 20 Desember 2023.

Universitas Annuqayah Guluk-Guluk Sumenep adalah rintisan untuk mewujudkan wadah bagi visi pengabdian Pondok Pesantren Annuqayah yang dapat menyentuh seluruh aspek kehidupan masyarakat dengan bekal keilmuan yang mumpuni dan landasan visi kepesantrenan dan keislaman yang kuat.

Didukung dengan lingkungan pendidikan yang dibangun dengan ketulusan mendalam dan dikelola dengan penuh dedikasi, Universitas Annuqayah Guluk-Guluk Sumenep akan mencetak kader-kader generasi santri yang memiliki wawasan keilmuan sains dan teknologi yang luas dan mendalam dengan landasan moral keagamaan dan orientasi keilmuan yang mengarah pada peningkatan kesejahteraan masyarakat.

Universitas Annuqayah Guluk-Guluk Sumenep menyelenggarakan program akademik yang profesional dalam mengembangkan dan menyebarkan sains dan teknologi yang bertujuan untuk menyiapkan mahasiswa sebagai anggota masyarakat yang memiliki akidah Islam berlandaskan Ahlu al-Sunnah wa al-Jama’ah, akhlakul karimah, memiliki kemampuan akademik dan/atau profesional dan dapat menerapkan, mengembangkan, menyebarluaskan dan/atau menciptakan sains dan teknologi, memiliki tanggung jawab yang besar untuk membangun kesejahteraan bangsa dan untuk kemajuan Islam Ahlussunnah wal Jama’ah di Negara Kesatuan Republik Indonesia.

Pada awal berdirinya Universitas Annuqayah Guluk-Guluk Sumenep membuka Tiga Fakultas, yaitu Fakultas MIPA, Fakultas Teknik dan Fakultas Ilmu Komunikasi dan Bisnis digital; yang terdiri dari Delapan program studi berdasarkan surat keputusan Kementerian Pendidikan, Kebudayaan, Riset dan Teknologi (Kemdikbudristek) Rebublik Indonesia dengan Nomor : 979/E/0/2023 yang terdiri dari program studi Teknik Sipil, program studi Teknologi Informasi, Teknologi Hasil Pertanian, program studi Matematika, program studi Biologi, dan program studi Kimia, Ilmu Komunikasi dan Bisnis Digital.